Mạc Ngọc Liễn xứng đáng là con của danh tướng Nguyễn Kính. Hai đời cha con ông phò tá cả năm đời vua nhà Mạc, từ lúc bắt đầu tới khi kết thúc một triều đại. Sau Mạc Kính Điển, có lẽ Mạc Ngọc Liễn là chỗ dựa lớn nhất của nhà Mạc thời hậu kỳ. Mạc Ngọc Liễn một đời tận trung với nhà Mạc, dù vật đổi sao dời vẫn không lay chuyển lòng trung. Do Mạc Mậu Hợp bỏ bê chính sự, làm hỏng cơ nghiệp của cha ông, Mạc Ngọc Liễn dù tận tâm cũng không thể cứu vãn.

Các sử gia ngày nay đánh giá rất cao lời thư trăng trối của ông. Về mặt chiến thuật với họ Mạc, đó là mưu kế"tẩu vi thượng sách", phải tránh thế mạnh của kẻ địch. Chiến thuật đó là hợp lý đối với phe yếu như tương quan lực lượng giữa Lê và Mạc thời kỳ sau. Vua tôi họ Mạc nhờ theo kế của ông đã giữ Cao Bằng trong mấy đời, gần 100 năm nữa sau khi ông mất.

Nhưng lớn lao hơn, các sử gia nhìn nhận lời trăng trối của ông là lời dặn của người có trách nhiệm với đất nước, với dân tộc. Trước đây thái thượng hoàng Mạc Đăng Dung phải chấp nhận nỗi nhục trói mình hàng nhà Minh để tránh hoạ xâm lăng của phương Bắc (mà nhà Mạc nếu đương đầu khó tránh khỏi số phận như nhà Hồ) và dường như điều đó tác động lớn tới tư tưởng của Mạc Ngọc Liễn. Ông thấm thía bài học về hậu quả đô hộ, dù chỉ 20 năm (1407-1427) của nhà Minh trước đây, quá nặng nề cho đất nước. Suốt gần 200 năm từ khi nhà Lê thành lập tới khi trung hưng (1428-1593), binh hoả liên miên, các nhân vật cao cấp của các chính quyền cai trị chỉ say sưa chiến trận và bảo vệ quyền lợi của mình; nhưng trong đó đã loé sáng lời dặn của Mạc Ngọc Liễn. Trong quãng thời gian dài đó, sau Nguyễn Trãi, tới tận khi nhà Mạc mất mới lại có một đại thần biết lo tới nỗi thống khổ của nhân dân Đại Việt về nạn binh đao và hoạ ngoại xâm, biết đặt lợi ích của nhân dân lên trên lợi ích của mình.

Nhà Mạc sau Thái Tổ và Thái Tông không có thêm vua giỏi, nhưng có các bầy tôi như Mạc Kính Điển, Mạc Ngọc Liễn cứu vãn hình ảnh nhà Mạc. Dù thua trận, mất quyền cai trị, nhà Mạc không cố giành lại ngôi vị bằng mọi giá. Đặt lợi ích của nhân dân Đại Việt lên trên lợi ích của mình, điều này Mạc Ngọc Liễn nói riêng và các vua Mạc (thời cát cứ Cao Bằng) nói chung đã tỏ ra cao thượng hơn vua tôi nhà Lê thắng trận lúc đó và nhà Nguyễn sau này. Các vua Lê, vua Nguyễn khi bị mất ngôi liền tức tốc chạy đi nhờ viện binh nước ngoài về diệt kẻ thù trong nước. Nhà Mạc theo lời dặn của ông đã biết cách rút lui khỏi chính trường và không để lại sự oán thán, chê trách của hậu thế.

Tác giả Trần Gia Phụng trong bài viết:"Những cuộc đổi họ lớn trong lịch sử"có đoạn bình luận về lời trăng trối của ông: